Gói công việc 3: Kháng kháng sinh ở lợn và kháng sinh tồn dư ở sản phẩm thịt lợn
Trong gói công việc (CV) 3, dự án VIDA-PIG sẽ thiết lập bằng chứng vững chắc hơn về tỷ lệ kháng kháng sinh ở lợn và tồn dư kháng sinh trong các sản phẩm thịt lợn trên thị trường. Chúng tôi sẽ giúp xây dựng năng lực địa phương trong việc nhận thức về mối liên quan của việc sử dụng kháng sinh của nông dân với sự hiện diện của vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh. Để đạt được mục đích đó, dự án VIDA-PIG sẽ làm việc với các nhóm nghiên cứu quan trọng khác như Phòng Nghiên cứu Lâm sàng Đại học Oxford ở miền Nam Việt Nam. Ví dụ chúng ta sẽ xác định tính kháng kháng sinh ở E. coli có liên quan đến tiêu chảy lợn con, cũng như hiện tượng kháng colistin dựa trên plasmid trung gian mang mcr-1 lưu hành ở lợn và người chăn nuôi (Malhotra-Kumar et al., 2016; Trung et al., 2017).
Mục tiêu và các sản phẩm hữu hình:
3.1: Đánh giá tồn dư kháng sinh trong thịt lợn từ các cơ sở giết mổ và chợ bán lẻ bằng phương pháp HPLC và / hoặc LC-MS-MS; mối liên quan của các kết quả phát hiện với lịch sử sử dụng kháng sinh tại các hộ chăn nuôi cụ thế trong gói CV2.2.
3.2: Thiết lập các các phép đo chuẩn đối với phương pháp thử tính nhạy cảm kháng sinh và phương pháp pha loãng vi khuẩn để đánh giá nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn (MIC) và tỷ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn tại Viện Thú y (NIVR), Viện Dinh dưỡng (NIN), và các Phòng thí nghiệm của Chi cục Thú y (DAH). Khóa đào tạo thực hành trong thời gian 4 ngày cho các học viên cơ sở sẽ được tổ chức.
3.3: Phân lập vi khuẩn E. coli từ lợn sơ sinh và sau cai sữa bị tiêu chảy tại các trang trại được lựa chọn và xác định tính kháng colistin và/ hoặc cephalosporin theo phương pháp chuẩn. Nghiên cứu mối liên quan giữa với lịch sử sử dụng kháng sinh tại trang trại cụ thể (đã được xác định trong gói CV 2.2).
3.4: Thu thập mẫu ngẫu nhiên của 120 trang trại và 120 lợn tại lò giết mổ và sử dụng các phương pháp phân lập chuẩn để phân lập một khuẩn lạc vi khuẩn E. coli và một khuẩn lạc vi khuẩn Enterococcus facium từ mỗi mẫu phân lợn/thịt lợn. Xác định tính nhạy cảm của các chủng vi khuẩn đối với 18 loại kháng sinh khác nhau và sử dụng phương pháp khoanh giấy đôi (Kaur et al., 2016) để xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn sản sinh ESBL và AMP-C.
3.5: Đánh giá tính khả thi của phương pháp tiếp cận dựa trên giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) tại Viện Dinh dưỡng (NIN) để giám sát các gen kháng kháng sinh và các mầm bệnh; thiết lập các phân tích thí nghiệm ban đầu với mục đích đó. Thực hiện giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) tại NIN đối với các chủng được lựa chọn từ gói CV3.3 và CV3.4 với sự hỗ trợ từ Đan Mạch; tổ chức khóa đào tạo một tuần về WGS tại NIN với các giảng viên người Đan Mạch, các nhà khoa học từ các Viện không thuộc dự án có thể tham gia và tự chi trả; xác định cấu trúc trình tự của vi khuẩn E. coli và Enterococcus spp. phân lập được mang kiểu hình kháng đặc hiệu và cơ chế kháng kháng sinh đặc trưng